首先，在腹泻病中，益生菌是临床应用和研究最多的药物，益生菌能够通过补充肠道正常菌群、纠正菌群失调，分泌抑菌或杀菌物质和增强肠道局部免疫反应有效地清除病毒和细菌等机制，明显缩短腹泻病程、降低腹泻的严重程度，几乎可以应用于各种原因引起的腹泻病。
其次，在功能性胃肠道疾病中，益生菌具有酸化肠道、改善排便和调节肠道免疫炎症反应的作用。对功能性消化不良（包括小儿厌食症）、功能性便秘和功能性腹痛有益，推荐使用，，此外益生元药物（乳果糖）对功能性便秘疗效确切，也推荐使用哦。
再次，乳糖不耐受 乳糖不耐受是因为β-半乳糖苷酶缺乏，导致不能有效分解乳制品中的乳糖进而引起腹泻发生。双歧杆菌、乳杆菌和嗜热链球菌含有β-半乳糖苷酶，可减轻乳糖不耐受的症状，或在肠道中迅速分解乳糖，使乳糖不耐受患者不易发生腹泻等症状。故也是推荐使用这些菌株制成的制剂。
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微生物制剂的作用还有很多，如湿疹等过敏性疾病、炎症性肠病（IBD）、预防腹部外科手术后感染以及健康促进等等等等，这里就不一一展开了。因为在理论上，只要人体正常菌群出现紊乱，均可能是使用微生态制剂，所以，还有进一步应用的空间等待我们探索。
三、说了这么多，家长们又有疑问了，这益生菌这么好，那毕竟是细菌啊，细菌吃进去安不安全呢？
总体上是安全的。双歧杆菌和乳杆菌是人体肠道正常菌群的主要菌种， 也是目前微生态制剂应用最多的菌种，，在发酵乳制品中的长期应用已经被证明了其安全性（想想我们平常吃的酸奶吧），极少有报道其潜在的致病性。在全球范围也内没有微生态制剂引起严重毒副反应的报道。出现问题的也是免疫功能受损的病人，而且是个例。如国外个别报道在免疫功能受损或有基础疾病的病人可以发生布拉氏酵母菌或枯草杆菌菌血症，所以，对特殊疾病使用这些菌株时应引起重视。
整理自《微生态制剂儿科应用专家共识》、《益生菌制剂在儿童常见疾病中的应用》
