虽然韩林儿被奉为起义军首领、皇帝，但对起义军被没有多大的统治力。一方面起义军多大是各地的侠义之士，虽然战士都是被白莲教忽悠来的，但这些地方部队的领导者们都各有各的算盘，他们或为财宝、或为权势，只是借着红巾军的名号来满足自己的利益而已；另一方面，韩林儿当上皇帝后，并没有把功劳最大的刘福通任命为丞相，刘福通心生不满，将韩林儿任命的丞相暗杀，自己当上了丞相，并主掌了起义军的大权，韩林儿被架空。
此后多年，韩林儿一直处在刘福通的掌控之中。起义军接连攻克元朝多座城池，使得元朝渐渐重视起了这个由农民和教徒组成的起义军。起义军之所以一开始能战无不克，是因为元朝统治者们根本没有把这只农民部队当一回事，再由于元朝统治时间过长，国家没有发生过战乱，南方各个城池之内根本没有多少部队驻扎，都是由文官管制。元朝疆域辽阔，国家虽然腐败不堪，但是仍旧有很雄厚的实力。随着元朝讨伐大军开始南下，红巾军节节败退，刘福通的部队被元军彻底打败。
