谭嗣同外，尚有诸如黎庶昌、张自牧、薛福成等，皆谓耶教源出墨教，神学本于墨学。然则这并不意味着彼时学人全然肯定耶墨二教均具有正面价值，比如宋育仁认为耶墨二教相仿，然正因为耶教取法墨教，故背离周孔，流弊同归；郭嵩焘认为耶教“爱人如己”的教训就是墨家“兼爱”之宗旨，但同时又指出耶墨二教远不如孔孟儒学广大精微，属下愚之教，不足惑上智。此皆以耶墨各擅其长，然儒家与这两家相比更为优越。由之可见，“耶教墨源说”在很大程度上仍难脱离以儒家为衡量准绳的言说传统，墨学在这种中西文化比较中的身位止于充当儒家的替代物，其所谓“比较”自然也容易流于牵强附会。一如近代中国思想史上的“西学中源说”，“耶教墨源说”背后潜隐着同样的民族主义情绪，即谓西学源出中学，西教源出中教，西方文化不如中国文化。
此后，“耶教墨源说”的影响渐由知识界扩展至教会界，中国基督徒开始投注精力研治墨学，产生了一批“耶墨对话”的思想成果。不过这并不意味着，中国基督徒完全接受基督教乃源出于墨家、甚至墨家足以和基督教等量齐观的设定。由于历史上儒家正统天然排斥墨家，视之为异端邪说，加之明清以来西洋传教士如利玛窦（Matteo Ricci）、马里逊（Robert Morrison）、艾约瑟（Joseph Edkins）、李提摩太（Timothy Richard）等人的文化福传事工以“耶儒对话”为主流，使得中国基督徒在从事“耶墨对话”的时候，多多少少还是拘守孟荀“辟杨墨”的遗传，不敢对墨家墨学有所亲近。
这种对墨学“不敢亲近”的态度，早已有之。明末，基督教自西徂东传入中国，产生了一批以儒家背景信仰基督教的中国基督徒，如徐光启、李之藻、杨廷筠等。这些基督徒奉教以先，都是儒者出身，多遵循“补儒易佛”的“利玛窦方法”，甚至于将耶儒并举。在这些“儒家基督徒”眼中，渗入佛道的宋明理学為儒学歧途，信仰天教（基督教）即廓清儒家圣贤之道。在这一言说传统影响下，不少传教士和中国基督徒，也都把墨学目为等同于佛道、宋明理学的异端。他们大多认可孟荀辟杨墨。在“耶教墨源说”兴起之前，中国基督徒在从事基督教与中国文化对话时，不乏对墨学持贬斥态度之学者。例如清中叶基督徒张星翟就将自己皈依天主教的认信经历比拟为朱子辟佛老和孟子辟杨墨。在其著作《天教明辩》中，他言到：
