王师败绩，汉献帝唯有露宿在曹阳的田野中。杨奉和董承于是假装向李傕等人求和，暗地里派遣使者前去河东郡招纳白波军将领李乐、韩暹、胡才以及南匈奴右贤王去卑，得到数千骑兵，凭此大破李傕等军，斩首数千级，献帝车驾得以继续东进。董承、李乐护卫左右，杨奉则与胡才、韩暹、去卑断后保护献帝车驾。
十二月，李傕等再一次引军前来追赶，双方再一次大战，杨奉等战败，百官又一次惨遭大规模的杀戮。从东涧开始四十里当中攻杀连续不断，献帝的车驾好不容易才到达陕县。当时遭难之后，虎贲羽林卫士不满百人，李傕、郭汜的兵士绕着献帝的营寨大声呼喊，众人都有离去的心思，杨奉和董承担心夜长梦多，护卫献帝趁夜渡过了黄河。经河东郡大阳县时，河内郡太守张杨也加入了护卫车驾的行列。行至安邑县，献帝派遣太仆韩融至弘农郡，向李傕、郭汜等求和，李傕这才放回公卿百宫，也归还一些宫女家眷，以及皇室的车驾器物服饰。
公元196年（建安元年）七月，献帝的车驾终于辗转进入洛阳，杨奉出屯梁县护卫洛阳，韩暹和董承则留在京中守卫皇宫。八月，杨奉被汉献帝拜为车骑将军，并得以假节钺。当时杨奉虽然手握重兵但是因为洛阳之前被董卓破坏的太狠了，所以搜不到粮食，难以养活军队。
在护送献帝期间，杨奉与韩暹、董承、张杨因相互间意见对立而变得不和，于公元196年（建安元年）二月更是发生了韩暹攻打董承的内讧事件。杨奉虽然在诸将之间兵马最强，但缺乏外援。恰逢此时兖州牧曹操平定了兖州内的黄巾军，派遣使臣向当时仍在河东郡的献帝发来慰问。心向曹操的议郎董昭于是以曹操的名义写信给杨奉，向杨奉表达了合作的意思。杨奉收到信后十分喜悦，对各位将军说道：“兖州的军队就驻扎在附近的许县，他们有兵有粮，国家应当依靠仰仗他们。”六月，，杨奉与众人一同上表荐举曹操为镇东将军，并让其继承父亲曹嵩的爵位为费亭侯，借此拉拢曹操。
