冯云山出狱后，返回紫荆山一看，自己的队伍居然在杨秀清带领下井井有条，而且比他在的时候还要好。他一打听才知道杨秀清是“天父下凡”。冯云山和洪秀全心知肚明，他们知道这种装神弄鬼的行为骗骗老百姓行，骗不了他们。两人也认为可以利用杨秀清的“天父下凡”进一步巩固部队，于是杨秀清成为拜上帝会的领导人。
杨秀清的时常利用“天父”附体，对太平天国的诸王发号施令，洪秀全作为“天子”当然要听杨秀清的。但这种“装神”平常人看不透，洪秀全和杨秀清知道内情，但两人谁也不说破谁。渐渐的，杨秀清在太平军中的地位越来越大。
据资料记载，太平军定都南京后，杨秀清就借助“天父”对洪秀军进行训斥。然后再以下属面目面对洪秀全。这种一会是“爹”，一会又当“儿”转换，傻子都能看出来了，但没人说透，还必须要听。这一点触动了洪秀全的利益，洪秀全怎么会放过杨秀清呢？！杨秀清的军事权力太大了。
杨秀清借助“天父”的名义，取得了在太平军的绝对领导地位，而且还控制了太平天国的军事大权。这个权力不是一般人能拥有，就连洪秀全都一时难以驾驭太平军。因为杨秀清有“天父”附身，而洪秀全是“天父儿子”。
古代无论哪朝哪代，军权是绝对领导权，历史上宫廷斗争，还是军队中争权都是以夺取军权为主的。虽然太平军以“神”为主导，也逃脱不了军权之争。当时太平军，人人都听东王杨秀清的，洪秀全只是一个象征而已。所以洪秀全肯定不愿面对这种境地，而杨秀清又不愿放手军权，这必然引来两人的争斗。杨秀清的“天父”附体也不是一天二十四小时，平时还要回到“人间”，回到“人间”的杨秀清就要听从洪秀全的。
