由于太平天国领导集团的分裂，破坏了内部团结，削弱了军队的战斗力，损伤了元气，丧失了乘胜歼敌的有利时机，而给清军以可乘之机。天京事变后，咸丰皇帝一再谕令:“乘此机会，设法进兵。”清军，特别是湘军乘机展开反攻。胡林翼在1856年年底指挥湘军攻下武汉，不久，又“肃清”了湖北全省。武汉和湖北的失陷，是太平天国战局逆转的一大关键，从此丧失了“以上制下”的主动权。胡林翼部在取得湖北战场上的胜利之后，接着马不停蹄，东下江西，围攻九江。原在江西的曾国藩部湘军积极配合，这样太平军在江西的大部分占领区沦陷，而重要的军事据点九江在1858年的5月，被湘军攻下，太平军守将及其部众一万七千余人壮烈牺牲。太平军在西线战场上由于湘军的反攻失利，而在东线战场，江南江北大营也加紧围困天京，形势也很不利。为了扭转局势，1858年8月，陈玉成、李秀成汇集各路将领，在安徽的枞阳镇(今桐城市东南)召开军事会议，决定采取联合作战方针，首先解除清军对天京的包围。这就是著名的枞阳军事会议。会议之后，1858年9月间，陈玉成率部以凌厉的攻势拿下庐州，进军溆州的乌衣镇，与李秀成会师，大败江北大营德兴阿部和钦差大臣、督办安徽军务的胜保的马队，歼敌四千余人。接着又击败江南大营的援兵，乘胜进兵浦口，摧垮了江北大营。
与此同时，湘军主力李续宾部在攻陷九江以后，趁势攻占太湖、潜山、桐城、舒城，进逼庐州西南五六十里的三河镇。三河镇是庐州咽喉，又是天京及庐州的粮食和其他物资的供应地，战略地位十分重要。太平军在此筑城一座，凭河设险布兵固守。湘军李续宾部猛扑三河镇，守军向天京告急。洪秀全急调太平军主力赴援，陈玉成奉命自六合(江苏境内，在南京北面，扬州西面)西上驰援，在11月初包抄三河后方，断李续宾的后路，又命庐州守将吴如孝南下狙击舒城方面之敌。1858年11月15日。陈玉成分三路进攻李续宾大营。当日大雾漫天，陈玉成忽从李续宾后路杀出，一马当先，冲陷敌阵，正在激战之时，李秀成率军从白石山赶来助战。守军也积极配合，李续宾进退无路，经过三天的战斗，李部六千人全部被歼，李续宾和曾国藩的弟弟曾国华以及文武官员四百余人毙命。三河镇大捷给曾国藩的湘军以沉重的打击，曾国藩哀叹:“三河之败，歼我湘人殆近六千，不特大局顿坏，而吾邑士气亦为不扬。”这样，不但安徽战场的形势转危为安，而且东西两线的战局都发生了转机。
