腓特烈的政策主要针对意大利，他在北意大利与一些日益富裕和独立的城市发生了冲突，尤其是米兰。他也由于支持一位少数派候选人反对教皇亚历山大三世而卷入了与罗马教廷的冲突。腓特烈在1177年与教皇握手言和之前，支持了一系列伪教皇。在德意志，皇帝多次在公国和城市等竞争对手面前保护狮子亨利（尤其是慕尼黑和吕贝克）。不过亨利对腓特烈政策的支持并不太强，在意大利战争进入到危机时刻时，亨利拒绝了皇帝的军事支援请求。当腓特烈回到德意志时，愤怒的他对亨利公爵提起了诉讼，使亨利的土地全部被没收。
在霍亨斯陶芬王朝期间，德意志的公国们靠着帝国西部巧舌如簧的农民、商人和工匠（包括基督徒和犹太人），成功地、和平地推动了向东方土地定居的进程，此前由西斯拉夫人定居或无人定居。这些土地逐渐的日耳曼化，是一种复杂的现象，这种现象在19世纪种族偏见出现之前并不能被合理地解释。凭借定居地的东扩，也由于本地斯拉夫统治者与日耳曼人的通婚，帝国的影响力不断上升，最终到达了波美拉尼亚和西里西亚。同时，，条顿骑士团在1226年被马佐夫舍的康拉德公爵（Duke Konrad of Masovia）邀请到普鲁士来促使普鲁士人的基督教化。然而条顿骑士团国和他的日耳曼继承者普鲁士王国从来就不是神圣罗马帝国的一部分。
