“扬州十日”清军占领扬州今后，趁大雾渡过长江，攻占南京。弘光帝逃到芜湖，后来被俘，押到北京处死，其官员多数降清。
弘光政权覆灭之后，张煌言等人拥立鲁王朱以海在绍兴称监国，同时郑芝龙等人在福州拥立唐王朱聿键为帝，年号隆武。鲁王政权和唐王朱聿键的隆武政权为了争所谓正统，自相残杀，冰炭不洽。
鲁王政权力用钱塘江天险屡次击败清军的攻击，反对了清军的南下。但他只知足偏安一隅。基本不想北上抗清，收复失地。
1646年，清军趁天旱水浅，强渡钱塘江，明军一触即溃，鲁王搭船逃亡海上，时人称之为“海上皇帝”。
鲁王派人向隆武帝求援，信中称隆武帝为“皇伯叔”，而没有称“陛下”。隆武帝龙颜大怒，喝令侍卫把鲁王的信使杀了，还振振有词地说：“如今最忧虑的事，不是清军而是鲁王。”
隆武帝生活简单，喜欢念书，同心想恢复明朝，还一度想御驾亲征。他杀了前来招降的清朝使者，清算吏治，严惩贪污，重用金声、杨廷麟、何腾蛟等抗清将领，但把握军政大权的郑芝龙却黑暗降清。
郑芝龙本来是个大海盗，后来被招安。清军覆灭鲁王政权今后，挥师南下，攻击福建门户仙霞关。
郑芝龙为了留存实力，将仙霞关的守军撤回，率领车队撤回家乡安平。隆武帝无可若何，只好逃亡。
在清军乘胜追击的情形下，降武帝竟然舍不得丢掉几十车心爱的书篇，进步的速度很慢，究竟很快被清军追上。
当隆武帝的人马达到闽赣边境的时候，正本能够敏捷进入还在南明掌握之下的江西省时，隆武帝却命令停下来打开行李晾晒龙袍，以便穿戴整洁地接管臣民的觐见。
这时清军追了上米，隆武帝和大臣周之藩慌张躲入关帝庙。清兵在庙前厉声呼喝：“朱聿键出来。”
突然，周之藩手持钢刀跳出山门，高声说道：“我就是隆武帝！”挥刀杀向清兵，究竟被清兵乱箭射死。
清兵进庙检查，只见后门敞开，庙内空无一人。本来朱聿键已从后门逃入汀州城。后城破被俘，朱聿键在福州绝食而死。
