唐高宗麟德元年（公元664年），玄奘巨匠在长安玉华寺圆寂。唐高宗闻讯沉痛不已，说："朕失国宝矣"。按照玄奘巨匠的遗愿，他的尸体埋葬在长安郊区的白鹿原。
玄奘巨匠泥像
后来凭据唐高宗的敕令，迁葬玄奘巨匠遗骨到樊川北原，而且在玄奘巨匠的坟场建筑了一座寺院——兴教寺。唐僖宗广明元年（公元880年），因为黄巢起义，兴教寺被战火焚毁。玄奘巨匠遗骨被兴教寺和尚带到终南山紫阁寺再次下葬。
玄奘巨匠画像
因为唐末和五代时期近年战乱，民不聊生，紫阁寺逐渐芜秽。北宋端拱元年（公元988年），天禧寺主持可政不忍见玄奘巨匠遗骨无人看顾，就把玄奘巨匠顶骨舍利带到南京天禧寺建塔供奉。
永乐十年（公元1412年），明成祖朱棣命令在天禧寺原址建造大报恩寺，并在三藏舍利塔前建三藏殿。
康熙三年（公元1664年），重建大报恩寺，供奉玄奘巨匠顶骨舍利的浮图也获得补葺。
咸丰六年（公元1856年），因为宁靖天堂活动，大报恩寺与玄奘巨匠的舍利塔一路被毁。玄奘巨匠的顶骨舍利埋藏在地宫里，逐渐被世人淡忘。
玄奘巨匠西行取经
1942年11月，驻守南京郊区的..高森隆介军队，在大报恩寺遗址建筑神社时，无意中挖掘到地宫，找到藏有玄奘巨匠顶骨舍利的石函。石函上刻有大量文字，记载了玄奘巨匠顶骨舍利迁徙的渊源。信仰释教的高森队长喜出望外，号令严厉封闭新闻，甚至不吝处死了挖掘地宫的民工。然后高森队长把玄奘巨匠的顶骨舍利偷偷带回..国内，分成几块离别供奉。
灵谷寺玄奘院
后来不知什么原因新闻泄漏，1943年2月3日的《国民日报》报道了玄奘巨匠地宫被掘事件的经由，其他中国报刊电台接踵发声。迫于舆论的压力，日军高森军队认可了挖掘玄奘巨匠舍利塔地宫的事实，并清偿了部门玄奘巨匠顶骨舍利。
成都文殊院供奉的玄奘巨匠舍利
玄奘巨匠的顶骨舍利经由多次朋分，被送往世界各地供奉。如今共有9处存有玄奘巨匠顶骨舍利，离别是西安大慈恩寺，南京玄奘寺、南京灵谷寺、成都文殊院、台北玄奘寺、新竹玄奘大学、..琦玉县慈恩寺、..奈良三藏院、印度那烂陀寺。
