但如何对重大违法公司进行强制退市，却是A股市场需要直面的问题。从之前上市公司的退市来看，基本上都是一退了之。但对于重大违法公司的强制退市来说，采取这种“一退了之”的退市方法显然是不大合适的。因为是涉及重大违法退市，这当然是有责任人的。因此，作为责任人来说，就必须为公司的退市承诺责任，而不是由投资者来担责。如果采取“一退了之”的退市方法，就会出现“上市公司违法违规、投资者承担损失并买单”的不合理现象，这不仅没有追究重大违法者的责任，而且也不利于保护投资者利益。所以，这种“一退了之”的退市方法并不适用于重大违法公司的强制退市。
对重大违法公司实行强制退市，最重要就是要突出两点。一是要追究重大违法者的责任。对于这个问题，这次证监会出台的重大违法公司强制退市新规中，实际上已经涉及到这个问题，如证监会强调要落实因重大违法强制退市公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员等主体的相关责任，强调其应当配合有关方面做好退市相关工作、履行相关职责的要求。
二是要赔偿投资者的损失。毕竟投资者的损失是由于有关责任人的重大违法行为造成的，所以这个损失必须由有关责任人来负责赔偿，而不是由投资者来自行承担。这个问题，应该是重大违法公司强制退市需要解决的最主要问题。如果投资者的利益得不到保护，损失得不到赔偿，那么重大违法公司强制退市，惩治的就不是重大违法者了，而是广大无辜的投资者。所以，在重大违法公司强制退市的过程中，必须重视对投资者合法权益的保护，必须解决投资者损失的赔偿问题。
正是基于这两方面的认识，因此，重大违法公司强制退市制度有必要设计成一种清算制度。就像一家公司破产面临着破产清算一样，对于重大违法公司强制退市也需要进行退市清算。毕竟对于重大违法公司强制退市来说，退市公司不再存在重新恢复上市的机会，这实际上是宣判了退市公司的“死刑”，所以进行退市清算是必要的。而进行退市清算的目的，就是通过退市清算，来追究重大违法者的责任，赔偿投资者的损失。
从清算的内容来说，至少包括这样几个方面的内容。一是要明确重大违法者的责任，包括刑事责任与民事责任。在这里尤其要强调的是民事责任，也即对投资者的赔偿问题。二是要算清有关公司上市以来，从市场上得到的“好处”，既包括上市公司的融资金额，也包括主要责任人减持..的金额。通过这种清算，可以摸清有关责任人的赔付能力。三是清算公众投资者的损失情况。这个损失金额必须由重大违法的责任人来进行赔偿，而不能任凭责任人一句“没有赔偿能力”而一推了之。因为通过这种清算的目的，就是要让重大违法责任人将吃进去的吐出来，就是要让其倾家荡产，以此达到惩治重大违法者的目的。如果重大违法者在惩处面前不痛不痒，那又如何打击重大违法行为呢？
