不幸的是，这封奏疏还是落到了魏忠贤的手中。得知了奏疏内容的魏忠贤大为恐惧，他命人对奏疏的内容做了手脚。经过魏忠贤的修饰改写，将一篇慷慨激昂揭露魏忠贤罄竹难书罪行的奏章改成了一篇无关痛痒的奏章，将魏忠贤的罪行大大减轻了。皇帝看了虽然感觉魏忠贤的行为非常不妥，但是没有将魏忠贤定罪。
之后，魏忠贤进行了报复，诬陷杨涟等人行污受贿，将他们全部抓捕起来。杨涟被押入大牢后，魏忠贤的党羽许显纯对他进行了严酷的拷打和审讯。杨涟的下颌脱落，牙齿被打掉，身体被钢刷刷的体无完肤，史料有云：“皮肉碎裂如丝”。虽然在昏暗的牢房中受到惨无人道的迫害，一次次在死亡边缘挣扎，杨涟用被打得几近残废的手，颤抖地写下了两千字的绝笔遗书。在遗书中，他写下了事情的真相，以及自己坎坷的一生。这封遗书后来被监狱看守发现，看守被杨涟的勇毅所感动，将绝笔遗书藏在牢中关帝像的后面，后来，那位看守将其取出，并最终公告于天下。
