不过刘守有其人，却留下一桩千古悬案，就是其与国宝《清明上河图》的牵连，与他同朝的名臣王世贞在自己写的文章中，影射刘守有在抄冯保家的时候，私吞了冯保所藏《清明上河图》，（锦衣都督刘守有与僚属张昭、庞清、冯昕等，皆以籍罪人家，多所隐没。）冯保是个文化水平很高的太监，喜欢收藏，《清明上河图》曾经在张居正手中，张居正为了讨好冯保，将图送给了他，于是此神图最终落到了也喜欢收藏的刘守有手中。这是王世贞的说法，最终也没有得到证实，而张择端真正的定稿本，到现在也还众说纷纭，踪迹全无。
战争中的指挥使：骆思恭
刘守有倒台后，骆思恭升任锦衣卫指挥使。骆思恭任内，明朝发生了大战事，即万历三大征，在此期间，锦衣卫的主要职责转向了对外作战，刺探情报、传递信息乃至直接参与作战都有参与，出力很大，骆思恭掌卫时间从万历十年到天启四年，长达四十二年，除了为三大征出力，期间也经历“移宫案”这样的宫内大案，最后由于魏忠贤上台而被贬斥下台。
五彪之一的指挥使：田尔耕
魏忠贤自天启年间崛起后，在天启四年到天启七年权势达到了巅峰，万历朝一直被锦衣卫压制的东厂也由此翻身，在此期间，无人可对抗其锋芒，骆思恭既被贬，继任的指挥使自然非魏忠贤的党羽莫属，这就是田尔耕。既然依附了魏忠贤，帮其办事也是理所应当，锦衣卫此时完全在东厂阴影之下，主要工作就是帮助魏忠贤排除异己。
田尔耕为了讨好魏忠贤也是不遗余力，数兴大狱，最有名的是逼供并杀死了杨涟、左光斗等六人，被称为魏忠贤手下五彪之一。九千岁虽则只在万岁一人之下，但其辉煌也不过短短三年，天启驾崩后，倒台也只是三两个月的事，魏忠贤倒台，冷酷的崇祯必然展开清算，身为魏忠贤重要党羽的田尔耕难逃一死，是必然的报应。
不及乃父十一的指挥使：骆养性
田尔耕既死，接任的是骆思恭之子骆养性。骆养性任内，大明朝已千疮百孔，战事四起，作为指挥使，锦衣卫在他手中并未在战争中发挥出如同乃父一般的作用，在当时局面下，无功便是过。但最终导致他下台的，并不是政绩，而是他的贪腐被崇祯发现，最终被罢免。
最后一任指挥使：吴孟明
不过继任的最后一位锦衣卫指挥使吴孟明并不比骆养性好到哪里去，他接任时已是崇祯十六年，离明朝灭亡只剩一年，在此期间，他所做的除了大肆敛财再无其他作为直到李自成攻入北京。
由此，从明初延续至此的锦衣卫也成为了历史，世间也再无大明锦衣卫指挥使一职。至于南明几位指挥使，都是光杆司令，也没起到任何作用，不在讨论之列。
