孙嘉诚和雍正都很清楚，在严惩诺敏和张廷璐这件事上，张廷玉的态度非常重要，张廷玉如果选择“大义灭亲”，那么其他官员的鼓噪就失去了意义，所以孙嘉诚出面说服力张廷玉“大义灭亲”。在这件事上，雍正对孙嘉诚还是比较满意的，毕竟孙嘉诚和自己还是一条心的。但是在接下来的年羹尧的事上，雍正并不赞同，甚至是比较厌恶孙嘉诚对年羹尧的“弹劾”。
在西北打了胜仗的年羹尧，回京时面对诸皇子和百官的“傲慢和无礼”，对雍正的轻视和僭越，都让这个“眼里不揉沙子”孙嘉诚怒不可遏，在朝廷上下都在百般巴结年羹尧的时候，上折子弹劾了年羹尧。孙嘉诚对年羹尧的弹劾其实并没有错误，对年羹尧“僭越放纵”，“专横跋扈”，，“腐败奢侈”甚至是“结党营私”的指控并没有任何的诬陷。这一点雍正是很清楚的，并且在某种意义上讲他的感受比孙嘉诚还要更加深刻一些。
但是，雍正对年羹尧还是一直抱有幻想的，他试图用自己的情感来感化年羹尧。所以孙嘉诚的弹劾就显得不合时宜，也就是“事实清楚，时机不对”。并且对于这位刚直不阿，不畏权贵，忠贞清廉的左都御史，雍正打心里很佩服，所以他觉得如果年羹尧身边有这样一个“铮臣”随时对他监督和警示的话，年羹尧应该有所收敛，一个知道收敛的年羹尧是雍正需要的，他也希望孙嘉诚能够帮他达到这个目的。
但是，雍正万万没有想到的，是年羹尧的跋扈和膨胀已经到了疯狂的地步，他已经“目空一切”了。孙嘉诚在他身边肯定是让他浑身不舒服，他索性找了一个理由把孙嘉诚给杀了！
孙嘉诚的被杀，彻底改变了雍正对年羹尧的看法，也让雍正对年羹尧彻底的绝望了。同时，年羹尧杀孙嘉诚也彻底惹怒了朝廷的大部分官员，尤其是“清流”，因为受雍正重用的孙嘉诚和李绂都算是清流领袖，所以，清流们对年羹尧的讨伐就是坚决的“赶尽杀绝”。在这样的局面下雍正杀掉年羹尧就只剩下程序和时间问题了。
无论如何，雍正是舍不得拿孙嘉诚当什么药引子的。孙嘉诚的作用可要比当个药引子大多了。雍正如果想杀掉年羹尧的话，会有很多借口，但是由于对年羹尧的误判，导致孙嘉诚被杀，也的确是雍正下决心杀了年羹尧的直接原因。
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