然而在1523年，古斯塔夫·瓦萨将瑞典从北欧帝国中彻底分了出去，从此与丹麦一刀两断。这对丹麦来说是致命的打击，不但国土大为缩小，而且卧榻之侧多了一个死对头，此后近300年间，丹麦瑞典两国为争夺领土和海峡控制权，缠斗不断，两败俱伤，而周边其它国家则渔翁得利。
古斯塔夫·瓦萨
即古斯塔夫一世，生于大贵族家庭，1517年参加了反丹麦统治的斗争，1518年战争失利后被作为人质带到丹麦，次年逃回。1521年在达拉纳郡领导民众起义，1523年打败丹麦占领军，被推选为国王，建立了瓦萨王朝。1527年任用路德派教士进行..改革，没收教会土地、城堡，解散教会军队;1544年宣布废除君王选举制，代之以世袭制。去世前全国2/3的土地直属王室所有，为瑞典封建君主专制的发展和不久后称霸波罗的海地区打下基础。
进入十六世纪后丹麦王国开始衰落，国力衰退的丹麦王国，在欧洲的血腥舞台上越来越力不从心。
1618—1648年“德意志三十年战争”，丹麦代表新教一方作战，但被天主教国家同盟打败；
1700—1721年“北方战争”，丹麦同俄罗斯等国结为反瑞同盟，但因一开始即被瑞典击溃，失去了最后分赃的权利；
1799—1814年“拿破仑战争”期间，丹麦的几乎全部舰队被英国摧毁，并遭瑞典入侵，在维也纳和会中，被迫接受让挪威脱离丹麦，转归瑞典；
1864年，普鲁士和奥地利联合进攻丹麦，丹麦惨败之后，被迫放弃了荷尔斯泰因、石勒苏益格和劳恩堡三个公国；
最后一次打击是1939—1945年第二次世界大战，丹麦全境被德国占领，虽然最后得以光复，但却永久失去了冰岛。
这个昔日的欧洲强国，还是在一次次的失败之后，萎缩成为仅拥有日德兰半岛周边一隅之地的小国，尽管还保有渺无人烟的格陵兰和法罗群岛。
