据尼雅出土文书记载，由于水资源短缺，国民浪费水资源，是要受到惩罚的。即使如此，尼雅河最终还是断流了，原先"尼雅国"的地方失去了水源，居民无法耕种与生活，最后只好离开这里，迁移到其他地方。于是尼雅的历史发展完全中断，成为没有人烟的废墟。
认为尼雅国灭于战争的专家也做出了解释。从发掘到的文书解读内容来看，尼雅国王朝长期受到西南方向的强大部落"SUPIS"人的威胁和入侵，可以说，尼雅国是在预感大难临头中，忧心忡忡地度过了最后的日子。考古学家们在这个沉睡了1600年的废墟上，看到了宅院四周尸骨累累，内部各种遗物四处散落，房门敞开或半闭，储藏室里仍有大量的食物，甚至纺车上还有一缕丝线。这一切似乎告诉人们尼雅王国在面临长期的入侵威胁后，遭到了惨重的致命一击，甚至没有留下最后的文字记载。
更有人认为尼雅国既不是毁于环境恶化也不是毁于战争，尼雅国消失的原因有待进一步考证。他们认为考古学家并没有在尼雅遗址周围找到关于尼雅河大规模改道的证据，同时也并未在尼雅河上游发现任何人类聚居点的遗迹。而且，在尼雅遗迹中，没有断戟残剑沉埋沙中，所有出土的古尸，都是平静而又安详的。所有的房屋遗址，都是完整的。如果说尼雅是毁于战争，又该如何解释这一切呢？
尼雅国消失的真相到底在哪里，人们究竟能不能找到答案？也许，我们再也无法知道答案了。矗立在尼雅遗址上的古树亲眼目睹了当年商贾穿行的繁荣景象，也见证了尼雅国的消失，它在沙漠的尽头，默默地注视着这一切……
