基于上述对于基准利率基本属性的认识，国内学者对我国货币市场基准利率的选择问题做了大量定性或定量方面的研究，但现有研究并未形成一致的结论。目前国内学者认为货币市场基准利率的合适标的主要包括同业拆借利率、银行间债券回购利率、国债利率、存款利率和SHIBOR。
温彬等学者认为同业拆借利率在交易规模、市场性、可控性、稳定性等方面具有一定的优势，培育其作为我国的基准利率是比较现实的选择，但要使其真正发挥基准利率的作用仍需要进一步完善同业拆借市场等金融市场。彭红枫和鲁维洁、王志栋分别利用定性和定量等多种研究方法，认为银行间债券回购利率是当前我国货币市场表现最好的基准利率。一些学者探讨了国债利率作为基准利率的可能性。如刘轶和李久学认为国债市场参与程度高、影响力大，国债利率具有可控性好、与其他利率关联性较强、稳定性好、风险较小等优势，国债利率是市场化基准利率的必然选择。曾华和祝开元从央行货币政策传导机制的角度分析，认为国债利率是中央银行制定利率政策所能参照的最佳的市场基准利率。而另外一些学者认为存款利率是中国货币市场的基准利率。如蒋贤锋、王贺和史永东认为存款利率特别是活期存款利率最有效并适合作为其他资产定价的依据，未来应该可以成为我国市场基准利率。方意和方明认为现阶段我国货币市场基准利率是存款利率，银行同业拆借利率和央行票据发行利率不具备基准利率属性，债券回购利率只在3个月期限利率体系中基准性较强。
自2007年SHIBOR推出以来，SHIBOR作为基准利率的有效性的研究成为国内理论和实务界的热点问题，但研究结论却并不一致。武建新和张智勤认为在短端SHIBOR的基准性较好，但在长端还无法担当基准利率的角色，长端SHIBOR利率受到国债利率的影响。方先明和花旻认为SHIBOR初步成为货币市场利率变动的风向标和金融产品定价的基础，具有较大的发展潜力，但要成为真正的基准利率仍有相当的距离。时光和高珂对SHIBOR利率的有效性进行了检验，结果表明SHIBOR可初步成为基准利率，但有效性偏弱。另一方面，部分学者认为SHIBOR作为基准利率的有效性仍然不足，还不能作为货币市场的基准利率。如宋芳秀和杜宁却认为SHIBOR作为基准利率仍然缺乏足够的证据支持，7天债券回购利率仍然是我国货币市场的基准利率。柳欣、刘磊和吕元祥认为虽然近年来货币当局努力提高SHIBOR的基准利率地位且其认可度逐步提高，但目前为止其仍没有取代银行间同业拆借利率和债券回购利率的基准地位，目前仅在隔夜利率市场显示部分优势。
