后来，权势日盛的年羹尧被皇帝以各种罪名处死，，接着，他开始接替年羹尧的位置，成为川陕总督，是当时满朝中少有的获得如此地位的汉族官员，也是当时非常有名的封疆大吏。正所谓人红就开始招惹一些是非，在靖州有一位秀才叫曾静，曾写过一封信给他，里面的内容就是劝说他反清。他感受自己处在危险中，极有可能会被杀头，于是他把这封信就给了皇上。
虽然，岳钟琪逃过一劫，但是皇上已经开始对他产生了怀疑。后来因为战场上的失利，他开始成为替罪羊，再加上一些官员的弹劾，最后被打入了大牢。后来乾隆即位，他获得了赦免，但是已经成为了一个平凡的百姓。又因为大小金川之乱，皇帝想到前朝的这位有功将领，于是再次让他挂帅，于是很顺利地结束了叛乱。但是在他64岁的时候，再次出征，结果却在回来途中去世。一代名将就以这样的方式走完了自己的最后阶段。
岳钟琪一生经历康熙、雍正、乾隆三朝，立功无数，也得到雍正皇帝和乾隆皇帝的夸奖。乾隆帝赐谥襄勤，乾隆帝赞为“三朝武臣巨擘。
