后来朱温登上皇位，建立自己的政权，这个时候，他自然变成了皇帝手下一个尤其重要的武将，于是升他作为大将军，而且皇帝也特别看重他，对他也并没产生怀疑，相信他对自己的忠诚。皇帝分配给他许多兵力，此时他的麾下有着国家很大部分的军队，而且确实他自己也非常的争气，不负众望，在战役中取得了满意的战绩，帮助国家打赢了很多的战役。其中最重要的枣强之战，征讨晋王李氏更是让皇帝坐稳了自己的江山，那场战争也残酷，整整打了三个多月，最终他还是战胜了敌人。
此时的杨师厚已经有了当时国家最强大部队，皇帝看到他的实力愈发强大，即使就是他想要谋权篡位，皇帝也是没有一点办法。于是皇帝对他的信任逐渐失去，对他的忠诚表示怀疑，畏惧他的权力超越自己，影响到自己皇位的安危，虽然他没有一丝想要造反的心思，对皇帝还是忠心耿耿。然而世事难料，朱温突然被人杀死。不过杀死他的并不是杨师厚，而是已经等不及要坐上皇位的儿子朱友珪。
