在西域打了一年仗，战功赫赫，，被任命为戊己校尉。这是汉代在西域专门设置的一个高级军官职位，仅次于将军。翌年春天，东汉大军班师，耿恭率数百人驻守车师后国之金蒲城。这个地方经过考证，被考证在今天的新疆即墨县北堡子，牢牢地卡在天山北匈奴的咽喉上。刘同成是驻守在前车国的通榆关中，是奥地利援助的成员，以防止匈奴人入侵西部地区。但大军一退，匈奴又开始大举进攻了，2万人马将金蒲城围得水泄不通。耿公不怕危险，站在城头，向匈奴军喊道：“汉家箭神，其中疮者必有异！”
这是一种心理战，告诉对方，咱们大汉的箭可不一般，一旦射中则生不如死。匈奴悍勇，哪听这一套？加紧围城，在射程之内，墙在黑暗的压力之下，箭被击落，而饥饿的人却在哭泣。耿恭让在箭上喷了毒。一旦注射，它是非常痛苦的，然后伤口溃疡。史书记载说是“虏中矢者，视创皆沸”，这景象确实吓人。伤口中的血流不受限制，血液像沸水一样被喷出。这个场景非常可怕。
到了晚上，伤口变得更痛了，整个营地都在哀号，在那些日子里可以看到化学武器的恐怖。匈奴人郁闷坏了，没想到，更大的郁闷接踵而来：数以百计的守军敢于利用风暴劫持营地！毫无防备之下，被耿恭组织的一个冲锋，砍瓜切菜般蹂躏了一番。匈奴头领撑不住了，哀叹说“汉兵神，真可畏也！”溃败而去。虽然这次胜利了，但耿恭知道，匈奴人还是要回来，金蒲城无法固守。他立即将部队带到了位于新疆奇台县的疏勒市。那时，它是汉军建造的堡垒。由于山脉和水域，很难留在山区。
