同室操戈的结果，当然是被敌人逐一击败，隆武帝朱聿犍在福建被杀，而鲁王朱以海也吃尽了败战，寓居金门。按清朝的说法，这时候朱以海与手下大将郑成功产生了矛盾，郑成功嫌他碍事，阻碍自己专权，于是把他沉于海底。
如果事实真是这样，郑成功就成了弑君的野心家，民族英雄就多了不光彩的一面。一直以来，，人们都这么认为，直到1959年一天，金门的几个农民在山上炸石头，却无意之间炸出了一座神秘古墓，墓葬的规模不大，陪葬的物品也是十分少，只有几个瓷碗，还有一些明朝的铜钱。
农民们连忙把情况上报文物局。考古专家很快便赶到，经过一番研究，终于确定了墓主人的身份，他正是南明监国朱以海。墓中还出土了“皇明监国鲁王圹志”，圹志详细记载了鲁王朱以海死亡的原因、时间等，鲁王死亡时间是1662年，原因“王有哮疾，壬寅十一月十三日中痰而薨。
也就是说，朱以海根本不是被郑成功沉于海底，而是因哮喘病而死。自此，郑成功蒙受了三百年的冤屈终于得以洗刷。
