土司制度，并非朱元璋的首创，但是这种诞生在元朝乃至更早年月的统治制度，一旦被新生的帝国借鉴和改良，便立时成为了维护河湟地区稳定和发展的政治“利器”。
为了更好地说明土司制度在明王朝的统治时段和历史语境下的合理性和科学性，我们不妨将目光回溯到更为久远的年代。
元朝建立后，统治者借鉴了历朝历代在少数民族地区“因俗而治”的统治策略，在西北和西南的少数民族地区，推行了“因其俗柔其人”的土官制，具体的做法就是，委任少数民族头人、酋长作土官，并代表中原王朝，对当地实行统治。明朝建立后，朱元璋效仿元朝的政策,在今天的甘肃、青海地区建立卫所,以便“北拒蒙古,南制诸番”，史载，明朝时，青海卫所实行的就是土流参治的制度,明代时土官在西宁卫所担任指挥使、指挥同知、指挥佥事、千户、百户等多种官职,清初，土官又都归附了新的王朝，为了巩固中央集权在西北、西南地区的有效统治，清朝政府仍然将原职授予土司，土司制度得以延续了下来。
据《西宁府新志》记载:“按宁郡诸土司计十六家,皆自前明洪武时授以世职,安置于西(宁) 、碾(伯) 二属,是时地广人稀,城池左近水地,给民树艺；边远旱地,赐各土司。各领所部耕牧。内惟土司陈子明系南人, (以) 元淮南右丞归附。馀俱系蒙古暨西域缠头。或以元时旧职投诚,或率领所部归命。嗣后李氏、祁氏、冶氏皆膺显爵而建忠勋矣。迨至圣朝俱就招抚。孟总督乔芳奏请仍锡以原职世袭。今已百年,输粮供役与民无异。俊秀读书亦应文武试。”目前发现的史料显示,青海土族地区的土司全都是武职,他们全部在西宁卫所的东部及其周边地区驻屯。
值得注意的是，土司是指制度名称,并非官职。土司兵制,完全依照明初兵制执行,即划几个府为一辖区,设卫,置都指挥一员,下设千户所、百户所、总旗、小旗四等,其职为定期或长期守卫本辖区要塞,维持地方治安,参加征剿。
