蒋介石下令剿灭这支孤军。面对敌人重兵的阻截，同东江纵队会合已不可能。8月29日，中央电令南下部队回师北返。9月2日，部队开始北返，蒋介石派重兵在1000余公里的战线上进行围追堵截。王恩茂与王震等率部经过24天的艰苦转战，于9月23日返回鄂南与中原军区及新四军5师胜利会师，部队恢复359旅番号，郭鹏任旅长，王恩茂任政委，归建中原军区序列，王震任中原军区副司令员兼参谋长。
1946年6月26日，蒋介石悍然以30万人马将中原军区部队包围压缩在以宣化店为中心、纵横不足百里的狭小区域。危急时刻，在王震的指挥下，王恩茂与郭鹏率359旅向西突围。在刘峙、胡宗南..军的围追堵截下，359旅一路冒着敌人的猛烈炮火，浴血西进。7月12日，进至河南淅川的丹江边，前有大河，后有追兵，359旅兵临险境。王恩茂指挥717、718团阻击由荆紫关扑过来的敌军，掩护大部队分两路抢渡水位猛涨的丹江，粉碎了蒋介石把359旅消灭于丹江以东的企图。7月17日，部队进至鲍鱼岭一带，又被敌6个团包围，经过两天一夜激战，包围未能打破，敌后续部队日增。紧急关头，王震、王恩茂率359旅全员投入战斗，杀开一条血路，迅速进入陕南，击破敌人沿途的围堵，于8月28日返回陕甘宁边区。这次历经63天的突围行动，359旅进行大小战斗86次，平均每天作战1次以上。
9月27日，359旅回到了延安。9月29日下午，王恩茂出席了..、朱德在王家坪礼堂欢迎胜利归来的359旅团以上干部的宴会。..动情地说：“这是我们党历史上的第二次长征。你们虽然牺牲了不少同志，但是光荣地完成了党交给的任务，你们是党的宝贵财富。”
在南下北返的日日夜夜里，王恩茂牵挂着远方的妻儿。回到延安的那天晚上，他在日记中写道：“骆岚带着两个孩子过了两年，她所受到的麻烦，是太难设想了。久别的爱人，非常想一下子回到自己的家里，重温久别的爱情。因此，当到了骆岚的房子时，兴奋得不知如何了……”
