1985年10月，王恩茂从一线领导岗位上退下来，任自治区顾委主任。1986年4月，他当选为全国政协副主席，尽管北京各方面条件好，他却坚持留在新疆，“为新疆各族人民服务到底”。他创造性地贯彻中央提出的“汉族干部离不开少数民族干部，少数民族干部离不开汉族干部”的“两个离不开”思想，1990年2月3日，他在自治区党委..议上，作题为《抓好民族工作和..工作是确保新疆稳定的关键》的讲话，提出了维护祖国统一、维护民族团结必须遵守的“10条要求”，其中第6条是：“要把汉族离不开少数民族，少数民族离不开汉族，各民族互相离不开、亲密团结作为各族人民的行动准则。”由此，“两个离不开”的思想深化、完善为“三个离不开”的思想。半年后，时任中共中央..的..考察新疆，充分肯定了这一思想。从此，“三个离不开”成为新时期我国处理民族关系必须遵循的一项重要原则。
2001年4月12日，王恩茂病逝。《..》当日发表评论：一个跟随..长征的老战士，把一个落后荒凉的新疆社会带进了文明年代。王恩茂的骨灰安放于新疆。2006年，夫人骆岚去世，骨灰安放在丈夫墓旁。加上之前其父、其四子已安葬于新疆，王恩茂一家三代四口长眠于天山脚下，兑现了他的诺言：“我热爱新疆和新疆各族人民，我要一直守在那里。”
