嘉庆九年钞本虽抄写质量精良，但笔者比勘各本，仍然发现一些错误，例如卷六之《御制优恤土尔扈特部众记》中，在“户凡三万三千有奇”下夺“口十六万九千有奇”。卷九《阿克苏》“官制”下“办事大臣一员”后应作“嘉庆二年，喀什噶尔参赞大臣觉罗长麟奏明部颁办事大臣银印一颗”，但嘉庆九年钞本仅作“部颁银印一颗”；其后在“经制外委”下又错简“拜城游击一员，把总一员。赛里木经制外委一员。”“回务”下“额设金顶回子二十二名”后夺“诺依古特布鲁特比一名”。
《回疆通志》民国钞本
《回疆通志》民国钞本现藏国家图书馆古籍部地方志家谱阅览室，十二卷，一函十二册。原书版高280毫米，宽160毫米，四周无栏，无格，半叶八行，行20（18）字，小字双行夹注，亦行20（18）字。封皮土..，函套蓝色，828页。卷首有“嘉庆九年岁次甲子夏至月之吉和宁序”，各册卷首无卷别之载。每册首页及书后均钤有“国立北平图书馆珍藏”之章。
《回疆通志》民国钞本不仅纸张质量较差，而且装订粗糙。从字迹看，该本并非一人抄写，并且抄写水平良莠不齐，以致错误频出，其中许多错误亦直接于字旁涂改。笔者比勘各本，发现民国钞本虽然在部分内容上纠正了嘉庆钞本的错误，但更明显的是出现了太多的错误。
《回疆通志》铅印本
如前所揭，《回疆通志》虽成书较早，但印行较晚，在正式印行之前均靠钞本流传。直至民国十四年，时任段祺瑞政府外交部长的沈瑞麟方校印《回疆通志》：“裁融方册，校核前闻，证必穷原，辞无甚泰，事为后法……视《一统志》而事详，本《闻见录》而时近。念流传为孤本，未列缥缃，将着录于艺林，付之梨枣。”他认为《回疆通志》不仅价值较高，所载内容对风雨飘摇的民国也有诸多啓示，在方志史上地位颇为重要。同时，该书直至民国时尚未出版，殆成孤本，因此将《回疆通志》重加校印问世。
