8月25日，“刻下已届秋令”，天气开始转凉，刘锦棠率领马步三十二个营为前锋，长驱西进。敌军毫无斗志，劫掠秋粮后放弃库尔勒仓皇西逃。刘锦棠又挑选精兵两千五百人为先锋，穷追不舍。清军势如破竹，一个月疾驰两千里，两次击溃敌军，一举收复库车、阿克苏和乌什，用兵神速的刘锦棠也得了一个“飞将军”的雅号。清军所到之处受到各族百姓热烈欢迎，维..史料记载着“没有一个城镇向皇帝陛下的大军射过一粒子弹。相反，很多城镇的好人还为皇帝的大军做了力所能及的事”。当时的英国观察家也承认，清政府的恢复到处受到“人们欣喜的欢迎”，“因为这个政权恢复后，就能受到保护，就有法律、贸易和物资..。而当卑鄙的冒险家（指阿古柏匪帮）进行掠夺和不成体统的事情时，是一样都没有的”。
在清军不可抗拒的攻势面前，阿古柏匪帮内部分崩离析。先是和阗守将向清军请降，紧接着，十二年前投降阿古柏的前喀什噶尔守备何步云也宣布反正，率领数百满汉兵民占据了喀什噶尔汉城。由于伯克胡里的宅邸也在其中，因此他的亲眷也全部成为何步云的俘虏。
刘锦棠得到敌军内部陷入混乱的情报后，不失时机地发起了全线进攻。清军从南北两路向喀什噶尔发起了钳形攻势，阿古柏的残余势力顿时作鸟兽散。12月17日，两路清军同时抵达喀什噶尔，匪首伯克胡里在中国土地上已无立足之地，只得趁夜率残部逃入俄国境内。12月21日与24日，叶尔羌与英吉沙尔先后光复，到了次年（1878年）1月2日，和阗也被董福祥部清军克复，帕米尔高原上的塔吉克族牧民也把阿古柏派去的“官员”缚送清军大营。肆虐新疆十二载之久的阿古柏匪帮终于被彻底从中国领土清除了出去——这一壮举被当时的英国人誉为“从一个多世纪前的乾隆时代以来，一支由中国人领导的中国军队所曾取得的最光辉成就”！
李鸿章像
收复新疆之后，清廷论功行赏。左宗棠晋封二等恪靖侯，并以内阁大学士入值军机处；去世后更是谥号“文襄”。按谥法，“慈惠爱民曰文”、“辟地有德曰襄”。
当然，左宗棠也不曾忘记胡雪岩所作的一切，向朝廷报告：“至臣军饷项……催领频仍，转运艰险，多系胡光墉（雪岩）一手经理，遇有缺乏，胡光墉必先事筹维，借凑预解，洋款迟到，即筹借华商巨款补之，臣军倚赖尤深，人所共见。新疆底定，援其功绩，实于前敌将领无殊！”清廷因此赏赐胡雪岩一件象征莫大荣誉的黄马褂，官帽上可带二品红色顶戴，让其就此成为著名的“红顶商人”。有清一代，富商捐官戴红顶者有，但既戴红顶又穿黄马褂的仅胡雪岩一人。就连胡母也跟着沾光封了个一品诰命，如此一来，连官居二品的浙江巡抚大人到了杭州元宝街胡家门口，骑马的也得下马，坐轿的也得落轿。胡家着实风光一时。
