朱元璋本着寓兵于农的设想，首先将天下户口分为民户和军户，军户世代当兵，平时耕作，战时参战。又将全国军队划分为近四百个卫所，每卫有兵五千六百人，并将这些卫所分布全国各地。同时，明朝廷将大量的土地分配给各卫士兵，实行屯田，，并详细的规定了各处卫所士兵进行守卫和耕作的比例，如明制，处于边境的卫所要有三分的士兵担负守备任务，余下的七分士兵则进行耕作，军屯所收获的粮食全部供给士兵。
因此，我们会发现朱元璋时期制定并实行的军户军屯制度在当时有着很多好处。一是实行军户制，对于稳定军队数量和战时快速动员、征调军队有着莫大的好处；二是军屯制实现了兵农合一，军屯收获粮食全部供给军队，减少了国家负担；三是避免了由国家四处提供军需而导致的转运过程中的巨大消耗。 所以军户军屯制对于稳定明军数量和战斗力，巩固明初的统治发挥了很大的积极作用。
图3 明朝军队
但这种被朱元璋在理想中认为是完美无缺的制度却也有着致命的缺陷，即在封建农耕时代，保证生产的根本便是要拥有土地，因此建立军屯军户制的根本也是土地。要命的是，朱元璋在制定制度时却没有考虑到随着时间的流逝，人口是会大量增长的，而土地则有可能会被兼并。有明一代，土地兼并的现象十分严重。在民田已无法满足权贵们贪欲的时候，军屯的土地自然就被他们惦记上了。各种达官显贵，军官将领，乃至于领兵宦官都纷纷将手深入到了军屯的土地上，大片军田被侵占。
《明实录》曾记载兵部尚书王骥的上疏 ,他称：“国初，贵州二十卫所屯田、池塘共九十五万七千六百余亩”，但王骥在巡视后发现，才过去几十年，这九十六万亩的土地和池塘就已经是“徒存虚名”,正所谓“良田为官豪所占”,“贫穷军士无寸地可耕”。又有镇守太监王贵，在陕西任职期间，霸占军队屯田一万亩，有屯田兵士一千多人被迫为其耕种，这些军户们在军屯被兼并的情况下的生活愈发难过，史载：“军士妻子,衣食不给,皆剜蕨根度日”, 而原本应担任起耕战职责的军士们则“饮恨吞声,无可控诉”。
