第三，张居正倡导通过农商互利的重要途径达到富国强兵之目的。中国的传统产业是农业，是各朝代的支柱产业和基础产业，国库的财政收入都是依靠农业来征收粮税。所以张居正在传统的影响下继承了农本思想。他认为农业与国家生生相息，农业的良好生产发展和国家的兴盛安危是联系在一起。他还认为，不但要搞好农业，还要不断学习、掌握农业知识，并指出农业“斯事虽贱，非学亦无由知也”。这就为农本思想注入新的内涵，也就是把农业科学知识和农业生产结合在一起。这些思想在以后的改革当中被利用了进去，并且取得了良好的效果。
明朝中后期开始，商品经济得到了迅速发展，实物开始货币化，资本主义萌芽开始滋生，商业和农业的关系开始不断加强。张居正对这一现象已有察觉，他重新审视了农商关系，发现传统的重视农业抑制商业的观念已经不适合现在的情况，认为商业和农业是相辅相成的，是可以相互促进发展的。于是，他不可避免的将新兴的工商业者划分到民本思想中民的范围内。要想发展农业，同时也要注重商业的发展，要将商业农业统一起来，主张农商并重。同时，张居正还指出，农田之赋和商业之税是影响农业与商业发展的重要因素，因此他建议减
轻赋税以便良好发展。而农业和商业的发展结果关系着国计民生。通过农商互利，促进整个国家和社会的发展，实现富国富民的主张。
