《招标投标法》46条规定招标人与中标人不得订立背离合同实质性内容的其他协议。通常涉及变更工程价款、计价方式、施工工期、质量标准等中标结果的协议，应当认定为第21条规定的实质性变更。此外，最高法判例（2013)民申字第1791号裁定认定施工范围、付款方式也属于实质性内容；（2013)民申字第5号裁定认为付款期限也属于实质性内容。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。但如果两份施工合同均无效，根据最高法院判例，此时应参照双方实际履行的合同进行结算，不再按照备案合同进行结算。
承包人需要注意的是，黑白合同是一把双刃剑，备案合同通常对施工方有利，但是也不尽然，需要具体问题具体分析。在合同实际履行中，承发包双方如需签订补充协议变更合同内容，施工企业应慎重考虑是否涉及黑白合同结算依据问题，对日后工程结算风险有充分考虑并制定相应对策。
此外，约定让利的合同也要判断是否构成”黑合同”。通常情况下，违背中标通知书的让利约定应认定无效;备案的中标合同未约定让利而私下签订的让利约定无效；如果中标通知书有让利约定且符合规定的降价幅度的，可认定让利有效；让利条款应当建立在依约全面履行合同的基础上，如果合同未全面履行(如中途解除或合同范围发生重大调整等)，让利条款不一定适用。因此如果施工合同涉及让利约定，建议施工单位进行分析该让利条款在工程结算时是否应当适用。
风险3：低于成本报价风险
《招标投标法》明文规定不得低于成本报价，但建筑行业市场竞争激烈，低于成本报价现象仍经常发生。由于建筑业属于微利行业，低于成本报价很容易导致工程项目亏损，最终引发结算纠纷。那么如何判断低于成本呢？承包人能否以低于成本报价为由主张施工合同无效，进而要求按照定额标准据实结算？
