电子商务在实施的过程中，需要对硬件和软件进行整合和应用，在实际应用过程中，各方都可能会由于种种原因出现问题，主要表现在以下一些方面。
（1）企业管理水平低下，人员素质不高，缺乏相应的专业技术人员。电子商务在最近几年得到了迅猛发展，但是在很多企业中都缺乏足够的技术人才来处理所遇到的各种问题，许多企业技术人员的技术水平较低，不能完全胜任所承担的工作。同时企业对电子商务的管理也处于一个摸索的阶段，管理的水平不高，效率低下。这些都给电子商务带来了很大的安全隐患。其中包括交易流程管理风险、人员管理风险、网络交易技术管理的漏洞带来的交易风险、网络管理制度漏洞等。
（2）消费者电子商务知识贫乏，安全意识不高。消费者是电子商务的重要参与者。由于电子商务出现的时间不长，从总体上讲，广大消费者对于电子商务这个新生事物还比较陌生，缺乏相应的知识，还不能十分熟练地应用这一新的交易手段，往往会造成各种人为的安全威胁。例如：有的消费者安全意识淡薄，不注意保护自己的密码等关键信息，容易导致资金被盗、冒名交易等；有的消费者对信息判断能力差，容易上当受骗；有的消费者对网络交易的流程缺乏了解，容易导致操作失误等。
（3）网络攻击、商业欺诈等违法犯罪行为。以获取机密信息为目的的网络攻击是电子商务另外一个重要安全隐患，包括病毒攻击、木马程序以及其他各种形式的网络攻击。根据国家计算机病毒应急处理中心的统计，我国发现的计算机病毒有一半以上是以窃取信息等经济利益为目的的。这些网络攻击行为可能导致企业和个人的重要信息被盗，资金被窃取，使他们遭受较大的经济损失。同时，因为网络交易的虚拟性所引起的交易欺诈行为有恶化的趋势，，它已经成为继食品、汽车、家电、旅游之后的第五大投诉热点。这说明发生在我国网络市场中的欺诈行为已经比较严重，它会影响网民对网络产品的信任感并进而影响电子商务市场的健康发展。
