陈先生还重视吴越文化的研究，特别是史前时期吴越文化的研究。绍兴是我国东南文化的主要发源地之一，作为早期越人重要部分的于越部族，在这一带的历史已达7000余年。陈先生关于早期越族的研究，通过先后发表的论文，如《古代于越研究》《于越历史概论》《“越为禹后说”溯源》《越族的发展与流散》《吴越文化和中日两国的史前交流》《论句践与夫差》等，对越族的历史作了比较全面的探讨。根据他的研究，余姚河姆渡的原始居民很可能是于越部族的祖先，此后在卷转虫海侵时期，在距今7000年到6000年前整个宁绍平原沦为浅海，于越人由平原退到南部山区，春秋末期才再一次从山区迁移到平原上。还有一部分于越人向今浙西和苏南丘陵迁移，以后称为句吴；还有一部分人甚至用简单的独木舟或木筏漂洋过海，到达..、琉球等沿海岛屿甚至南部..。他还通过在..的许多地名中存在的“越”字，敏感地认识到这是史前期吴越地区与..文化交流的证据，他的这一认识得到..学者的认同。陈先生在这一方面的探索，对于加强中日两国人民之间情感联系和友谊具有非常重要的意义。
城市历史地理研究，是陈先生历史地理研究的又一重要领域。陈先生在对杭州城市历史地理研究的基础上，又主持编写了《中国六大古都》和《中国七大古都》，把我国古都研究纳入一个整体，为我国古都研究作出重要贡献。他非常重视对外国收藏的有关宁绍地区的历史文献，方志等史料的收集和研究，为地方史的研究作出重要贡献。
特别是20世纪90年代以后，他在深入研究春秋战国时代浙东运河的基础上，科学地否认了当时“京杭大运河”的狭隘定义，据实论证了京杭运河和浙东运河在历史上就是一条以宁波为南端和出海口的完整大运河并首次将此条迄今都在发挥巨大生命力作用的交通大动脉命名为“南北大运河”，精准地还原了这条运河承担海上丝绸之路功能的真实历史，从而为2014年的“中国大运河”的申遗成功奠定了理论基础和技术支撑，全面提升了中国运河的地位。
