宁远之战，在前屯的赵率教派一名都司、四名守备带数千人马支援宁远，本人留在前屯，说是防御蒙古。满桂见赵率教没来，派了这几个小不点来，勃然大怒，守住城门不让进城，袁崇焕强行喝退满桂，放援兵进城，后来这部分援兵起了很大作用。战后封赏，满桂坚决不同意赵率教晋封总兵，二人从此反目。接着和袁崇焕也爆发冲突，袁崇焕说满桂自从封了总兵之后，骄傲自满，见谁骂谁，连他这位巡抚也不放在眼里，众将敢怒不敢言，纷纷找他来哭诉。上本朝廷，请求把满桂调离辽东。
此时，辽东督师是王之臣，袁崇焕派人向王之臣汇报他打算上书朝廷，王之臣正在出巡途中，闻报赶紧赶到宁远劝阻。等他到了宁远，发现袁崇焕的奏疏已经发出，等于是没和他商量。王之臣很不高兴。认为袁崇焕不尊重他这个督师，甚至是玩弄手腕。由此，王之臣和袁崇焕也闹起了不和，两人各自上疏，请求辞职。朝廷没有办法，给二人划分了防区，关外由袁崇焕负责，关内由王之臣负责，二人各行其是，等于是袁崇焕这个辽东巡抚专制关外，可以不受上司督师王之臣节制。天启七年三月，天启皇帝又下旨，关内关外均归袁崇焕节制，袁崇焕事实上成了辽东第一军政首脑。天启七年五月，皇太极不服他父亲宁远之败，率军攻打锦州、宁远，又败于袁崇焕之手，铩羽而归。袁崇焕的威名更甚，朝野上下视其为后金克星。因为在锦州被围之时，袁崇焕力求持重，不主张率大军解锦州之围，战后被言官弹劾说他暮气深重，袁崇焕上疏辞官，得到熹宗批准，天启七年七月初四，袁崇焕辞官回乡。
